ساخت مسجد جامع خوانسار با حدود سه هزار مترمربع مساحت براساس سنگ نوشته‏ای که بر سر در آن نصب شده ، مربوط به سال ۱۱۰۱ هجری قمری است و به عنوان بزرگترین و قدیمی‌ترین مسجد شهرستان محسوب می شود که در جنوب شرقی و ورودی شهر از طرف اصفهان قرار گرفته است .
این مسجد در نقطه‌ای مرتفع واقع شده و با دیوارهای خشتی و آجری دارای گنبدی قوسی شکل و گچبری‌های بسیار نفیس و پنجره های زیبا و مشبک ارسی است .
مسجد دارای دو شبستان شرقی و غربی و محرابی تزئین شده به گچبری و خطوط کوفی و حوض سنگی یکپارچه است که آب آن از قناتی بنام گنگ در چند کیلومتری این مسجد و با لوله های گلی به آن منتقل میشده .
درب شمالی مسجد با منبت‌های بسیار نفیس دارای ارزش تاریخی و شبستان زمستان نشین از دیگر ویژگی های خاص و زیبای این مسجد است .
این اثر ماندگار ، سال ۱۳۵۴ در فهرست آثار ملی کشور به شماره ۱۱۹۰ به ثبت رسیده و برای بازسازی و مرمت آن تاکنون ۷ میلیارد ریال هزینه شده است .