روستای ” خفر ” در هفت کیلومتری شمال شرقی نطنز به فاصله ای کوتاه از جاده آسفالته مرکز شهر به بادرود و در کنار رودخانه ای خشک در دامنه تپه ای قرار گرفته است . روستای خفر در طول جغرافیایی ۵۱ درجه و ۵۸ دقیقه و۳۳ درجه و ۳۲ دقیقه عرض جغرافیایی قرار گرفته است . ارتفاع متوسط آن از سطح دریا ۱۴۱۰ متر می باشد .

جمعیت روستا در سرشمار سال ۱۳۷۵، ۱۵۴ نفر در ۶۴ خانوار گزارش شده است و در آخرین سرشماری محلی ( اردیبهشت ۱۳۸۶) ، جمعیت آن ۸۶ نفر گزارش شده است که از این جمعیت ۴۹ نفر زن و ۳۷ نفر مرد هستند . جمعیت اندکی هم در فصول خاصی به صورت موقت در روستا هستند که نمی توان آن ها را جزء جمعیت متمرکز روستا محسوب کرد . روستا در دو محله بالا و پایین در حال حاضر از جمعیت اندکی برخوردار است و جمعیت ساکن در مکان های گوناگون متفرق شده اند

آب وهوا : آب و هوای روستا با تابستان های گرم و زمستان های خشک با میزان بارندگی سالانه نسبتآ کمتر از نواحی جنوبی شهرستان ، از نظر آب وهوایی جزء معتدل ترین بخش های شهرستان می باشد زیرا در بین مناطق کوهستانی و کویری قرار دارد .

آب مورد نیاز روستا از قنات های بُزاغان ، پِِِِِریسمون ، کِهِق ( گنبی)، ونجی ، استخرجه و هونی تآمین می شود . قنات های یوزجریب و حسن آباد تا چند سال پیش بخشی از آب مورد نیاز مردم را تآمین می کردند اما اکنون خشک ومخروبه شده اند . بر اساس گزارش محلی آب مصرفی روستا در قدیم از آب انبار و چشمه بُزاغان تآمین می شده است .