مسجد بایزید بنایی است که در شهر بسطام بیش از همه بناها جلب توجه می‌کند. این مسجد از دو قسمت تشکیل شده است یکی مختص نیایش مردان و دیگری مختص نماز و عبادت زنان. قسمت اول صحنه‌ای وسیع و درِ ورودیِ آن سه لنگه می‌باشد که دو لنگه آن به هم چسبیده و درِ سوم مجزا است. بر روی این سه لنگه در منبت‌کاری بسیار هنرمندانه و ظریفی به چشم می‌خورد. در بالای این درها با آجرهای مخصوص مطالبی به خط کوفی نوشته شده است. محراب مسجد بایزید دارای سه حاشیه گچ‌بری شده است. دور تا دور مسجد، آیه‌ای چندین مرتبه به طور مکرر گچ‌بری شده است. سقف مسجد از چوب پوشیده شده و بر شش ستون چوبی قائم گردیده است.

در داخل قسمت دوم مسجد گچ‌بری‌های بسیار زیبایی است که در آن نقش و نگار زیادی به چشم می‌خورد ولی هیچ جا خط و نوشته‌ای دیده نمی‌شود. چند حاشیه گچ‌بری روی ستون‌های مسجد باقی مانده و چنین به نظر می‌رسد که سقف سابق این مسجد خراب شده و بعداً سقف دیگری برای آن ساخته‌اند. در جلوی مسجد بایزید دالان سرپوشیده‌ای وجود دارد که دو راه به بیرون دارد یکی به کوچه پشت مسجد و دیگری به رواق حرم امامزاده محمد. بر روی درِ سمت کوچه منبت‌کاری نسبتاً زیبایی به چشم می‌خورد ولی ظرافت آن به منبت‌کاری درِ سه لنگه‌ای مسجد نمی‌رسد. در جلوی راهروی دوم که از رواق حرم امامزاده محمد به دالان مذکور می‌آید درِ دیگری نصب است که از قطعات بسیار کوچک چوب ساخته شده ولی به امتیاز و اهمیت دو درِ ذکر شده نیست.

در طرف شرقی مسجد بایزید و متصل به آن، مناری است که ۱۴ متر ارتفاع دارد و مربوط به دوره سلجوقیان است. بر روی منار دو حاشیه خطی وجود دارد که یکی آیةالکرسی است و نوشته حاشیه دیگر به وضوح خوانده نمی‌شود.