این بنا در محله پشت قلعه کنگاور واقع است. بنای اصلی مسجد بر اثر زلزله سال ۱۳۳۶ شمسی به کلی ویران گشت و بنای جدید جایگزین آن شد. بنای شبستان قدیمی که از شبستان فعلی کوچکتر بوده، مستطیل شکل بوده و ۱۸ فیلپای چهارگوش به ابعاد هر ضلع ۱ متر در سه ردیف شش عددی در میان آن بوده است. برروی فیلپاها و اضلاع جانبی، طاق های جناغی و سپس بر روی آنها، طاق های قوسی دو پوسته زده بوده اند . حد فاصل دیوارغربی و فیلپاهای غربی ، شبستان زنانه واقع است که به وسیله پنجره های چوبین مشبک، از بخش مردانه مجزا می شده است . بخش زنانه، ۱۲۵ سانتی متر از بخش مردانه مرتفع تر و در ورودی آن از کوچه مجاور ضلع غربی مسجد بوده است . در وسط ضلع شرقی صحن مسجد، یک مدرس بوده که در دو طرف آن و همچنین ضلع غربی، حجره هایی با صفه ای در جلوی هر یک ساخته بوده اند . طاق مدرس و صفه ها و حجره ها جناغی بوده است . در دیوار کفشکن، سنگ نوشته ای در خصوص وقف به مدرسه کنگاور از طرف فرج الله افشار به تاریخ ۱۲۴۳ه-. ق نصب شده است .