استحصال آب از قنات جهت مصارف مختلف از شیوه های قدیمی رایج و غالب بهره برداری از منابع آب زیر زمینی منطقه به شمار رفته و در گذشته بیش از ۵۰۰ رشته قنات در سطح شهرستان جهت آبیاری باغات و مزارع و شرب مورد استفاده قرار می گرفته اما در حال حاضر این تعداد به دلیل رواج شیوه های جدید بهره برداری از منابع آب زیر زمینی به وسیله چاه های عمیق كه در قسمت جنوبی منطقه و در حاشیه دریاچه ارومیه در شهر ها صورت می گیرد به كمتر از ۲۰۰ رشته قنات در سطح شهرستان تقلیل یافته و سهم شهر خامنه در تعداد قناتین موجود ۱۶ رشته می باشد لازم به ذكر است از چند صد سال قبل آب شرب خامنه با سبك به خصوصی از یكی از این قنات ها لوله كشی شده و اهالی شهر از آب مشروب و پاكیزه كه توسط لوله های سفالی به خانه های آنها منتقل می شده استفاده می كردند چاه های عمیق با ۶۰۰ حلقه در سطح شهرستان و برداشت شدید آب در بعضی نواحی در خشكیدن قنوات نقش اساسی دارد.

چشمه ها و رودخانه ها

در خصوص كه یك منبع بسیار مهم و بدون هزینه در مقایسه با هزینه های امروزی می باشد باید گفت كه در شهر خامنه چشمه ها حاصل دسترنج انسانهای زمان می باشد كه همه آنها از آب كافی برخوردار هستند و شبانه روز جریان دارند و در امر آب مشروب و آبیاری زمینهای زراعی و نهالستانهای شهر خامنه نقش مهمی را ایفا میكنند.
چشمه هایی كه در این شهر جریان دارند عبارتند از : چشمه كهریز- چنار – پیر باغچه – شور كهریز- تازه چشمه – فقیر احمد – آقانكاها بالا- آقانكاها پایین – حسینی- طالب – حاج شفیع – حاج علی بیك- حاج میرزا بابا- آخوند آباد پایین- گیلان كاها و حیدری