ساختمان امامزاده مربوط به دوره صفویه است . گنبد آبی رنگ آن با خط های سفید كه شكل های هندسی منظمی را به وجود آورده است مانند نگینی در وسط شهر می درخشید . این بنا در دوره قاجاریه تعمیر و تكمیل گردیده است و دارای حرم ، صحن ، رواق و دو زائر سرا ، بازارچه . سرویس های بهداشتی می باشد .

زائر سرا قدیمی در دو طبقه بنا شده وجود حوض و درختهایی در وسط آن و اتاقهای دور تا دور آن جلوه خاصی را به این مكان بخشیده است . كاشی كاری و آئینه كاری داخل رواق ها فضاهای روحانی بر این محل حاكم كرده است .

داخل ضریح قبر سه امامزاده كه از فرزندان امام موسی بن جعفر (ع) می باشند دیده می شود . امامزاده حسین – امامزاده قاسم و امام زاده عبدالله . از سال تولد و شهادت امامزاده ها اطلاعی در دست نیست ولی می توان گفت در حدود سالهای بعد از شهادت امام رضا (ع) در این محل به شهادت رسیده اند. بدون شك مرقد مطهر امامزاده حسین (ع) در شهر جوپار ، پیشنه جوپار را تأیید می كند.