ساخت موزه تاریخ طبیعی استان قم به‌عنوان مکانی برای استفادهٔ علمی، فرهنگی، اجتماعی و پژوهشی در سال ۱۳۷۸ در بوستان شهید بنیادی قم آغاز شد و در شهریور ۱۳۸۱ خورشیدی راه‌اندازی شد. این موزه دارای نمونه‌هایی از پستانداران، پرندگان، حشرات، خزندگان، دوزیستان، سخت پوستان، فسیل بی مهرگان، و سنگ‌ها و کانیها است.