این بنا از معماری‌های شاخص دوران صفویه است و به ویژه در نوع پوشش طاق‌های آن از الگوی رایج معماری این دوران استفاده شده است. این خانه به طور کامل از خشت و گل ساخته شده و به شیوه خانه‌های سنتی یزد دارای حیاط مرکزی و کریاس است. خانه آقا کوچک در دو طبقه ساخته شده و مساحتی بالغ بر ۷۱۰ متر مربع دارد. این خانه دارای دو ایوان بلند در میانه ضلع شرقی و غربی است. گوشواره‌های دو سوی ایوان‌ها با طاق خنجه‌ پوش در دو طبقه ساخته شده است. در ضلع شمالی حیاط اصطبل و انبار علوفه واقع شده است که دارای در ورودی مجزایی است که به سمت کوچه باز می‌شود. نمای دیوارهای بلند حیاط از بیرون و درون و نمای درونی اتاق‌ها از گچ و کاهگل است و تزئینات شمشه‌گیری در نمای داخلی آن دیده می‌شود. در ضلع غربی حیاط این خانه زیرزمینی احداث شده است. از دخل و تصرفات صورت گرفته در این بنا می‌توان به ایجاد یک ورودی در ضلع جنوبی خانه، تیغه آجری برخی درگاه‌ها و نصب درب و پنجره فلزی برای برخی اتاق‌های طبقه همکف اشاره کرد. ‎آسیب‌هایی نظیر فرو ریختن سقف اصطبل، فرو ریختن سقف بعضی اتاق‌ها و ریزش سقف راهروی ورودی بنا و ایوان‌های متقارن طبقه دوم از جمله خطراتی است که این بنا را تهدید می‌کند و این بنا نیاز به بازسازی و مرمت و توجه بیشتر دارد .
لازم به ذکر است خانه آقا کوچک مربوط به دوره صفوی است و در ندوشن محله بالا کوچه شهید محمدحسین جعفری(خالق)، واقع شده و این اثر در تاریخ ۳۰ تیر ۱۳۸۴ با شماره ثبت ۱۲۱۲۷ بعنوان یکی از آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.