یکی دیگر از مساجد قدیمی که قدمت آن به دوران قاجار می رسد مسجد روستای ننج در جاده ملایر به همدان ودر نزدیکی جوکار ملایر است این مسجد زیبا همچون مساجد تاریخی ملایر از خشت آجر سنگ گچ و گل وچوب بنا گردیده و از لحاظ معماری با دیگر مساجد ملایر مشابهت فراوان دارد روستای ننج یکی از روستاهای تاریخی ملایر است. ننج ( Nanaj) دهی از بخش جوكار در ۲۰كیلومتری شمال شهرستان ملایر، در مسیر ملایر به همدان، در شمال غربی ایران واقع شده است. دو مسیر از شهرستان ملایر به روستای ننج وجود دارد .جاده قدیم، بنام گردنگاه و جاده جوكار به همدان. روستای ننج از شمال با روستای “سنگ سفید” از شرق با ” شریف آباد” و از غرب با ” كسب” در همسایگی است. در وجه تسمیه ننج چیزی مكتوب نیست. آنچه در افواه مردم است آنست كه ننج به معنی “منسوب به ننه” است (مانند ساوج و آوج). و “ننه” در “نانا”ی ایلامی كه الهه آب و زایندگی بوده است ریشه دارد. از زمان پیدایش روستا تاریخ مشخصی در دست نیست. با آنكه این منطقه از قدمت بسیاری برخوردار است، روستای ننج دارای چهار محله است : محله بالا، وسط آبادی، چال خندق، ته كوچه. این روستا در دورانهای پیشین رونق فراوانی داشته است، از وسعت باغات و زمینهای كشاورزی و همچنین قلعه ها وخانه های بزرگ كه اكنون مخروبه گشته اند این نكته مشهود می باشد. بافت فرهنگی آن اشرافیت فئودالی و اخلاق رعیت پرور بوده است. كه عمده خوانین در محله بالا ساكن بوده اند. و خرده مالكان و رعیا در چال خندق و وسط آبادی و ته كوچه. روستای ننج دارای دو مسجد بوده: مسجد بالا كه هنوز همان گونه باقی مانده است و از قوام و معماری خاصی برخوردار است، مخصوص خوانین بوده و مسجد پایین كه از بین رفته و به جای آن اخیرا مسجد جدیدی احداث شده است، مخصوص خرده مالكان و رعیا بوده است. از آثار باقی مانده تاریخی همان مسجد بالا كه متعلق به خوانین بوده را می توان نام برد كه جزء آثار ملی سازمان میراث فرهنگی محسوب می شود.