این بنای تاریخی درمحله محمدیه یكی از محلات قدیم شهر نائین واقع شده است. مسجد سركوچه محمدیه متعلق به قرون اولیه هجری بوده كه بیش از یك هزارسال قدمت دارد و از نظر شكل و پلان كاملا” بامساجد دیگر متفاوت بوده و این یكی از ویژگیهای مهم بنای مذكور می باشد.

این بنا فاقد صحن یا حیاط بوده، پلان آن به صورت مستطیل شكل یا گنبدی در مركز ساخته شده است .
از ویژگیهای مهم بنای تاریخی مسجد سركوچه محمدیه كتیبه های كوفی متعدد در قسمت فوقانی دیوارها و گنبد مسجد بوده كه كل كتیبه های آن بارنگ لاجوردی روی گچ و باخط كوفی ترسیم شده كه قسمت ساقه گنبد كوچك آن آیه ۱۸ سوره توبه ترسیم شده است .
در قسمتی ازمسجد نام عشره مبشره به اضافه بسم الله الرحمن الرحیم نمایان است .

روبروی محراب تاریخ كتیبه ها به خط عربی به سال ۴۶۹ هجری قمری دیده می شود .
به گفته مدنیان كارشناس میراث فرهنگی و گردشگری نائین در سالهای گذشته تمامی قسمتهای بدنه ها ،گنبد و كتیبه ها توسط این سازمان مرمت و استحكام بخشی گردیده است .مقدار زیادی از جمله استحكام بخشی كتیبه ها و دیوارهای گنبد و تعمیرات خود بنا انجام شده است.
این بنا درفهرست آثار ملی به شماره به ثبت رسیده است .
مسجدسركوچه محمدیه درمحمدیه شهر نائین ودرست درمركزبافت قدیم این محل ساخته شده است.
این مسجد پلانی كاملاً متفاوت از دیگر مساجد تاریخی داشته و آن به صورت مستطیل شكل با گنبدی خشتی در وسط بنا ساخته شده است .

این مسجدكاملاًساده وكوچك ساخته شده كه براساس شواهد ازجمله نوع پلان ، مصالح موجود ، كتیبه های كوفی ومحراب كاهگلی موجوددرزیركتیبه ها تاریخ آن به قرون اولیه هجری متعلق می باشد.
مهمترین ویژگی هنری این مسجد وجود كتیبه های متعدد كه سرتاسر قسمت فوقانی دیوارهای درونی مسجد را در بر گرفته است . این كتیبه ها با رنگ لاجوردی بوده و آیه ۱۸ از سوره التوبه در آن ترسیم شده است ودرچهار قسمت مسجد نام عشره مبشره به اضافه بسم الله الرحمن الرحیم ترسیم شده است .
درقسمت روبروی محراب تاریخ ساخت مسجدویاترسیم كتیبه هابارنگ نوشته شده و تاریخ ۴۶۹ ه ق رانشان می دهد.