از جمله آثار تاریخی بافران كه بنای اصلی آن براساس شواهد موجود، احتمالاً به قرون اولیۀ اسلامی می رسد مسجد جامع بافران است. نظر عده ای بر این است كه پیش از ورود دین مبین اسلام به بافران، ‌این مسجد به عنوان آتشكدۀ زرتشتیان، ‌مورد استفاده بوده و فقدان محراب در ساختمان مسجد را مویّد این نكته می دانند. تنها سند تاریخی دربارۀ بنای مسجد، كتیبه ای سنگی با ابعاد ۲۰ × ۲۰ سانتیمتر است كه بر بالای محراب فعلی مسجد، نصب شده است. بر روی كتیبۀ مزبور با خط ثلث برجسته ،‌كلمۀ طیببۀ «لا اله الا الله، محمد رسول الله، علی ولی الله » حك شده و در پایین آن جملۀ «كَتَبَه حبیب الله » و «سنۀ ۹۶۶ » به چشم می خورد . جملۀ نخست ، نشانگر نام نویسندۀ آن سنگ نوشته و عبارت دوّم با توجه به نزدیكی زمان ساخت مسجد جامع نایین و مسجد جامع بافران در قرنهای اوّلیۀ اسلامی ، نشان دهندۀ تاریخ تعمیر مسجد است نه تاریخ احداث آن .

ویژگیهای معماری مسجد

این مسجد تاریخی بر اساس الگوی مساجد چهار ایوانی بنا گردیده و مساحتی قریب به ۸۰۰ متر مربع دارد. مسجد در ارتفاع ۵/۱ متری از سطح معبر قرار دارد و در بخش جنوب و غرب آن دوساباط كه نقش پشتبند بنا را بر عهده دارند تعبیه شده است.

این بنا شامل فضاهایی همچون صحن ، شبستان و رواق است. سرداب یا زیرزمین مسجد وتك مناره خشتی از ویژگیهای این بنای تاریخی محسوب می شوند. ورودی اصلی مسجد در ضلع غربی قرار دارد و پس از عبور از جلو خان می توان از طریق راهروی عریض به صحن مسجد راه یافت . شبستان اصلی مسجد با سقفی بلند و گنبدی شكل در ضلع جنوبی جای گرفته كه با پلانی مستطیل شكل با طاق و چشمه پوشش یافته است. به جبهۀ جنوبی با ارتفاع بیشتر نسبت به بقیۀ جبهه ها تاكید بیشتری صورت می گرفته است. در جبهۀ شرقی و غربی مسجد كه به صورت دو اشكوبه «سقف، ‌هر طبقه از بنا » بنا شده است فضایی مخصوص (موسوم به غرفه) برای بانوان تعبیه گردیده و دو جبهه به وسیلۀ راهروی به یكدیگر راه داشته اند. فضاهای این دو جبهه نیز با طاق و تویزه پوشیده شده اند.

كاربندی سقف دالان ورودی و شمسۀ نیم گنبد ضلع جنوبی از جمله تزیینات به كار رفته در بناست .تزیینات سردر مسجد با آجركاری به شیوۀ راسته و خفته از الحاقات بعدی بناست.

ستونهای پهن و مستحكم مسجدكه قرنها مسجد را سر پا نگهداشته نیز از جمله ویژگیهای خاصّ این مسجد است.

سرداب « زیرزمین » مسجد در كنار در ورودی اصلی و در سطح زیرین صحن به فرم شش ضلعی بنا شده و برای تأمین نور آن روزنه ای در سقف آن تعبیه شده است. سبك معماری زیر زمین مسجد ، شبیه معماری شبستان مسجد است و در زمستان و تابستان، هوایی مطبوع دارد. مسجد جامع بافران ،تك مناره ای مدوّر وخشتی دارد كه از عناصر ارزشمند این بنا و از بناهای كم نظیر تاریخی است و به استناد كتاب «فهرست آثار تاریخی ایران » در دوران سلجوقی بنا شده است. ابعاد خشتهای مناره ۶×۳۰×۳۰ و ارتفاع مناره حدود ۲۱ متر و ورودی آن در كنار در اصلی مسجد و مقابل در ورودی سرداب و زیرزمین قرار دارد و به وسیلۀ ۵۸ پلۀ مارپیچی تعبیه شده در درون مناره می توان به اوج مناره رفت.

منارۀ خشتی در دوره های بعد با آجر پوشانده شده و در دوران معاصر پایین آن را آجر نما كرده اند. در قدیم از منارۀ مسجد در سحرهای ماه مبارك رمضان برای سحر خوانی و اعلام وقت سحر استفاده می شده است.

از دیگر تغییراتی كه در مسجدكهن ایجاد شده قطع ارتباط غرفه های داخل شبستان مسجد است كه در سال ۱۳۴۷ انجام گرفته و با برداشته شدن راه ارتباطی دو غرفه، ارتباط بخش غربی ( ‌غرفۀ مورد استفاده مردان ) با بخش شرقی ( ‌غرفۀ مورد استفاده بانوان) گسسته شد. در سالهای اخیر نمای بیرونی مسجد ،كاه گلی و پشت بام آن با ایزوگام ، پوشیده شده است. در ورودی سمت غربی ( ‌ورودی مردان ) در سال ۱۳۴۷ شمسی تغییریافت. در ورودی بانوان در ضلع شرقی مسجد قرار دارد. در مسجد جامع منبری گچی وجود داشت كه در كنار آن نوشته شده بود :‌

جز علی مظهر العجایب نیست همه جا حاضر است و غایب نیست

كَتَبَه لطف الله نایینی.

این منبر نیز در سال ۱۳۴۷ تخریب شده است.

فاصلۀ مسجد جامع بافران تا مسجد جامع نایین یك فرسخ است و از این رو با توجّه به احكام خاص نماز جمعه ( لزوم رعایت حداقل یك فرسخ بین دو نماز جمعه) برگزاری نماز جمعه درآن رواست و در برخی دورانهای گذشته ، نماز جمعه در آن برگزار شده است. معروف است كه تونلی این دو مسجد جامع معتبر در نایین و بافران را به هم وصل نموده كه امروزه این مسیر، مسدود شده و اثری از آن باقی نیست. این اثر تاریخی در تاریخ ۲۵/۳/۱۳۸۱ به شماره ۵۸۸۷ به عنوان اثر ملّی به ثبت ادارۀكل میراث فرهنگی رسیده است.